지금까지 선진국들은 후진국의 토착 생물자원이나 전통지식을 인류 공동자산으로 여겨 이를 무료로 사용해 왔다. 그런데 나고야 의정서가 발효됨에 따라 해외 생물자원을 이용할 경우 원산지 국가에 이용 승인을 받아야 하고, 생물자원을 이용해 발생한 이익은 상호 합의된 계약조건에 따라 일정비율로 분배해야 한다는 원칙이 적용된다.

이와 같은 나고야 의정서가 2010년, 일본 나고야에서 열린 제10차 당사국회의에서 ‘유전자원의 접근 및 이익 공유원칙’(ABS)이 채택되었다. 이에 2011년부터 세계 각국은 생물다양성 증진을 위한 국가전략 보고서를 제출하고 이를 이행해 나가도록 하는 의무를 부담하는 나고야 의정서를 결의하였다. 그런데 나고야 의정서는 4년이 지난 2014년 10월에 54개국이 비준함으로써 비로소 발효되었다.

선진국들이 지금까지 무료로 사용하던 생물자원에 로열티를 지불해야 되는 부담을 안게 되어 달갑지 않은 국제협약이라고 할 수 있으나 유전자원을 제공하는 아프리카, 아시아, 남아메리카 등의 저개발 국가와 개발도상국들은 오히려 적극 환영하는 입장이었다.

나고야 의정서에 비준한 국가들은 대부분 개도국이었고 선진국 중에서는 미국, 독일, 영국, 프랑스 등 대부분이 빠져 있고 노르웨이, 덴마크, 스위스, 스페인 정도가 비준에 동의하였을 뿐이었다. 사실상 나고야 의정서가 발효되면 해외 생물자원이나 전통지식을 이용할 경우 그에 따른 로열티를 지급해야 되지만 멸종위기의 생물자원으로 보전하기 위해서는 불가피한 국제협약이라고 할 것이다.

나고야 의정서는 ‘창의적 모호함 속의 걸작품’이라는 평가를 받고 있다. 아직까지 세계 각국이 생물다양성을 보존하고 깨끗한 지구환경을 조성하기에는 많은 미비점이 발견되고 있다. 그렇지만 후진국들이 지구생태계를 보전시켜 나갈 수 있도록 지원할 수 있는 훌륭한 제도적 장치가 마련되었다는 평가를 받고 있다.

나고야 의정서가 발효됨에 따라서 제약업계, 화장품업계, 건강식품업계 등 바이오업체들은 해외 유전자원이나 전통지식을 이용할 경우 나고야 의정서의 절차를 밟아야 한다. 즉 사전에 생물자원 원산지국에게 통보하여 사용허가를 받아야 하며, 이익에 대하여는 분할방법을 위한 계약을 체결하여 계약의 이행사항을 보고하여야 한다. 이를 위해서 입증할 방법을 제시하고, 기술이전이나 지적재산권은 어떻게 할 것인지 등에 대해서 합의하여야 한다.

정부도 외국의 생물유전자원을 국내로 반입하는 경우 원산지국의 사전통보승인(PIC)을 받았는지, 이익의 공유방법이나 절차 등을 위한 상호합의조건(MAT)을 규정한 계약을 체결하였는가를 확인할 의무를 부담하고 있다.

또한 생물자원이 국내에서 연구, 개발되어 상품화되는 경우 그 이용사항을 적절하고 효과적으로 감시하기 위한 법률적 절차를 마련하고 있다. 이와 같이 나고야 의정서는 유전자원뿐만 아니라 이와 연관된 전통지식의 이용으로부터 발생하는 이익에 대해여도 공적 의무에 대해 규정하고 있다.

나고야 의정서는 원칙적으로 상품교역을 규제하는 WTO 규범에는 적용되지 아니한다. 예를 들면 도라지라는 농산물을 단순히 도라지 무침으로 사용할 목적으로 중국에서 상품으로 수입하는 경우에는 의정서가 적용되지 아니한다. 그렇지만 도라지의 유전적 또는 생화학적 성분을 연구하여 천식이나 기관지 등 의학적 또는 건강상 유용성을 확인하고 상품을 개발할 목적으로 수입되는 경우에는 나고야의정서가 적용된다.

이럴 경우 도라지 수입업자, 유통업자 또는 제약회사는 수입 전에 중국정부로부터 사전승인을 받고, 수익금의 일부를 로열티로 지불하기 위한 계약을 체결하여야 한다. 로열티 금액은 중국정부와 제약회사 간의 계약조건에 따라 결정된다. 만일 해외 생물자원을 제품개발에 사용하였는데도 불구하고 나고야 의정서에 따른 절차를 밟지 않은 경우 이를 ‘생물자원 해적행위’라고 규정하며 영국에서는 이를 형사처벌하고 있다.

한편 중국은 비공식회의에서 우리나라에서 생산되는 의약품의 80%는 중국의 생물자원으로 생산된다고 주장하고 있다. 물론 원산지국으로써 충분한 입증자료가 있어야 하겠지만 자칫 우리나라의 의약품 80%가 중국에게 로열티를 지급해야 되는 사태가 발생할 수 있는 것이다.

산업계의 파급효과를 설명하는데 타미플루와 후디아사건을 들고 있다. 즉 2000년대 전 세계를 죽음의 공포로 떨게 한 조류독감의 유일한 치료제인 타미플루는 사실 중국 운남의 민간에서 해열제로 널리 사용되던 팔각회향이라는 나무의 뿌리와 열매를 이용하여 개발된 것이다. 만약 나고야의정서가 발효되었다면 중국은 타미플루의 제약사인 스위스 로슈사로부터 매년 3~ 5조원의 수익금 중 상당금액을 요구할 수 있는 것이다.

우리나라에 부쉬맨으로 널리 알려져 있는 아프리카 산(San)족은 장기간 사냥을 떠나는 경우 후디아라는 선인장과 식물의 뿌리를 휴대하였다. 이들에게 후디아 뿌리는 공복시 허기를 달래주는 효과를 가졌다. 그런데 유럽의 많은 회사들은 이를 이용하여 다이어트 약품이나 건강식품을 생산하여 막대한 이익을 독식하였다. 그렇지만 지금까지는 아무런 보상도 전혀 지불하지 않았으나 최근에는 이익공유계약을 체결하여 수익금의 5%정도를 로열티로 지불하고 있다.

생물자원은 유전적 기능을 가진 모든 동물, 식물, 미생물, 기타 버섯, 곰팡이 등도 포함된다. 생물자원의 원산지국으로 인정받을 수 있는 경우는 두 가지가 있다. 하나는 자국의 생태계 및 자연서식지에 존재하는 생물자원을 보유하는 국가이다. 그리고 생물자원이 외부에서 들어온 사육종 또는 배양종일 경우에도 자신의 고유한 특성으로 발전시킨 환경이 존재하는 경우에는 생물자원을 보유한 국가로 인정받을 수 있다.

우리나라, 중국, 일본이 ‘쑥’을 자국의 자연서식처에 보유하는 경우에는 모두 생물자원 원산지국이 될 수 있다. 그런데 원산지국이 되기 위해서는 해당 생물자원을 자국의 자연서식지에 보유하고 있어야 한다. 인공서식지라고 할 수 있는 논이나 밭 등에 재배하는 경우에는 나고야의정서의 적용대상이 될 수 없다. 따라서 식량농업용 생물자원을 논이나 밭에 보유하는 경우에는 생물자원 원산지국이라고 할 수 없다.

전통지식의 경우 모든 전통지식이 인정되는 것이 아니라 생물자원과 관련이 있어야 한다. 그리고 토착민족 및 지역공동체가 보유하고 있는 전통지식에 한정하고 있다. 이러한 전통지식 중 가장 대표적인 것이라면 중국의 한방 전통지식을 들 수 있다.

현재 중국은 우리나라 동의보감(東醫寶鑑)의 90%가 중국 의서를 인용했다고 주장하고 있다. 이는 곧 한의학의 기원이 중의학이라는 의미로 이것이 인정될 경우 동의보감을 비롯하여 한의학을 사용할 때, 로열티를 중국에 지불해야 하는 불상사가 벌어질 수 있다. 이에 생물자원 확보를 위한 한의계의 대응전략은 보건복지부가 주축이 되어, 2012년부터 2016년까지 5년간 토종 한약재 유전자원 확보 및 한국 토종자원의 한약재 사용을 위한 규격을 설정하는 ‘한국 토종자원의 한약재 기반 구축사업’을 진행하였다.

토종 한약재 88품목 유전자원 등록, 토종자원 100품목 이상 규격기준을 설정하고 있어 한약재로 사용할 수 있는 범위가 현재 547종보다 더 넓어져 다양한 처방이 가능해 진다. 그간 수입하여 사용하던 약재를 새로 발굴된 토종한약재로 33종이나 대체하게 되었다.

보건복지부는 토종자원을 발굴하는 과정에서 수집된 자원과 재배정보를 토대로 종자보급을 통한 지역 특성과 환경에 맞는 한약재를 대규모 재배할 계획이다. 또한 정부는 1983년, 생명공학육성법을 제정하고 2006년에는 제2차 생명공학육성기본계획을 수립, 세계 생명공학 7위 강국 진입을 목표로 다양한 정책을 추진하고 있다

나고야 의정서 발효이후 각종 바이오업체들은 해외 유전자원이나 전통지식을 이용할 경우 로얄티 계약을 체결해야 되므로 세계 자국들은 자국의 유전자원을 보호하기 위한 대책마련에 부심하고 있다